Algo que no me gusta de Grails es que por defecto usa la carpeta .grails para almacenar los Plugins usados por un proyecto. O para compilar las clases y en general pone todo allí.
Pero existe una forma de evitar esto, lo he visto en el libro Programming Grails (de Burt Beckwith) y es muy fácil, sólo se debe editar el fichero BuildConfig.groovy y cambiar este bloque
grails.project.class.dir = "target/classes" grails.project.test.class.dir = "target/test-classes" grails.project.test.reports.dir = "target/test-reports"
por esta única línea:
grails.project.work.dir = 'target'
Le doy las gracias a mi compañero de trabajo Claudio, que fui quien me enseño el libro.